子宫内膜异位症患者的子宫环境往往不佳，这直接影响到胚胎的着床。子宫内膜异位症会引发子宫内膜的炎症反应增加，分泌物成分改变，以及子宫内膜容受性的下降，这些因素都会降低胚胎成功着床的机会。
子宫内膜异位症常常影响卵巢的功能，造成卵子的质量下降。这种情况下，尽管通过试管婴儿技术获得了卵子，也难以保证卵子的正常发育，因此影响受精过程和胚胎质量。进一步说，子宫内膜异位症可能还会引起卵巢储备功能的下降，使得能够用于试管婴儿的卵子数量减少。子宫内膜异位症患者体内存在免疫系统异常的情况，这可能造成身体对植入的胚胎产生排斥反应，进一步降低了着床的成功率。免疫系统的异常反应会干扰正常的妊娠过程，使得胚胎难以在子宫内稳定生长。
子宫内膜异位症患者往往伴有激素水平的失衡，尤其是雌激素和孕酮的比例失调。这些激素对于维持子宫内膜的状态和促进胚胎着床至关重要。当激素水平失衡时，子宫内膜的准备状态不佳，不利于胚胎的着床。除了生理上的挑战，子宫内膜异位症患者在接受试管婴儿治疗过程中还承受着巨大的心理压力。长期的疾病困扰、治疗的不确定性以及经济负担都可能影响患者的情绪状态，进而影响治疗效果。心理压力可以通过多种途径影响生殖系统的功能，包括改变激素水平、影响免疫系统等，间接影响着床成功率。